Los antepasados del perro Pastor Búlgaro acompañaron a los pastores locales en el siglo III a.c.. Un origen tan antiguo sostiene que el linaje exacto del perro seguirá siendo para siempre un misterio. Se cree comúnmente que descendió de viejos mastines asiáticos centrales y tibetanos. La raza adquirió su nombre del Karakachan, una tribu griega de los pastores que tomaron la residencia en la península balcánica. Estos pueblos nómadas de origen trágico se apilan a las normas de cría convencionales. Gracias a su lealtad a las tradiciones tuvieron éxito en la preservación de varios animales domesticados en sus formas iniciales, incluido el perro Pastor Búlgaro.
La raza era responsable de guardar y de mover el ganado durante la migración estacional de los pastores de Karakachan. Fue altamente valorado por su tenacidad y fiabilidad, ya que conducían el ganado a distancias enormes. El perro Pastor Búlgaro era también conocido por su valor en guardar el ganado de los animales peligrosos tales como osos y lobos. Por otra parte este perro nunca eludió la confrontación abierta con estos depredadores y con su musculoso cuerpo y audácia era un opositor digno para ellos. También se mantuvo como un animal de compañía y por lo general se trataba como un miembro de una familia humana.
En los años 40 del siglo XX la industria agrícola búlgara fue sometida a la nacionalización por parte de la autoridad comunista. Las tradiciones de pastoreo fueron declaradas obsoletas y el perro Pastor Búlgaro ya no era necesario en las granjas comunales. El perro siguió sirviendo como un guardián de la propiedad, pero su número se redujo bastante drásticamente. En los años 60 del siglo XX, el régimen comunista ordenó la liquidación de miles de perros, que se consideraban «inútiles» para los métodos modernos de cultivo. Como resultado de este masivo asesinato 20 años después, la raza casi dejó de existir. Unos pocos seguidores dedicados hicieron grandes esfuerzos para rescatarlo de la extinción total.
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